Zu den Schutzgebieten Madeiras gehören unter anderem der Lorbeerwald, die Naturschutzgebiete Garajau, Rocha do Navio, die Ilhas Desertas und die Ilhas Selvagens sowie der Naturpark Madeira selbst. Die gesamte Insel Porto Santo ist seit 2020 ein Biosphärenreservat. Damit erhielt sie eine wichtige Auszeichnung, die die Besonderheit dieser Oase anerkennt, deren einzigartige Artenvielfalt auch die Schaffung des Netzwerks der Meeresschutzgebiete von Porto Santo rechtfertigte.